金末，蒙古加强对金中都的进攻，四年之间（1211—1214年）三次围困中都城。贞佑二年（1214年）五月，金宣宗于蒙古退兵之后迁都南京（今河南开封）。宣宗初留皇太子完颜守忠与右丞相兼都元帅完颜承晖（本名完颜福兴）同守中都，七月复召皇太子赴南京，实际上已放弃中都。蒙古复围中都，次年（1215年）正月金右副元帅蒲察七斤以通州（今北京通县）降于元将石抹明安，中都粮道断绝，陷入危机。五月，石抹明安将攻中都，完颜承晖自杀，尚书左丞抹然尽忠弃皇家诸妃嫔不顾，乘夜自通玄门出奔。石抹明安率军入城，据有中都。金户部尚书任天宠、知大兴府事高霖皆死。
    在蒙古屡次围攻中都过程中，战况十分激烈，砲碎承天门（应天门）鸱尾，诸宫室、民舍也在所难免。金人为保卫中都城，在蒙古军攻入中都外城后，又焚烧街道两旁民舍以阻止其前进；为充饥饿，据《南迁录》载，又“拆绛霄殿、翠霄殿、琼华阁，分给四城为薪”。加之，大安二年（1210年）中都连连地震，造成地层断裂，地下可燃气体逸出，火灾频繁。《金史·五行志》载：“大安二年（1210年）二月乙酉，地大震，有声殷殷然。六月、七月至九月晦，其震不一。十一月，京师民周修武宅前渠内火出，高二尺，焚其板桥。又旬日，大悲阁（在今北京宣武区白纸坊北）幡竿下石隙中火出，高二三尺，人近即灭，凡十余日。自是都城连夜燔爇二三十处。三年（1211年）三月戊午，大悲阁灾，延烧万余家，火五日不绝。”蒙古入据金中都城之时，其城在战火和自然灾害的破坏下已残破不堪，人多馁死。蒙古复改金中都为燕京，窝阔台汗三年（1241年）三月在此设行尚书省，以燕京留守兼行尚书省事。
    原金中都城南的建春宫和城北的太宁宫，在蒙古军攻克中都城以前即被占领。《元史·石抹明安传》载：“乙亥（金贞佑三年，公元1215年）春正月，取通州，?遂驻军于京南建春宫。”又先后破金御史中丞李英、完颜合住援军，“尽俘其辎重，还屯建春宫。四月，攻万宁宫（即太宁宫），克之”。建春宫在此后即不见记载，或已完全破坏。元代，大都城南二十里有下马飞放泊，即今北京南苑附近，为蒙古皇室贵族纵鹰狩猎之地，当即金建春宫遗址。万宁（太宁）宫虽保存下来，但宫殿建筑也大多残破，前已言及，兹不赘述。
    成吉思汗于即位二十二年（1227年）七月卒，次年（1228年）幼子拖雷监国。拖雷监国之次年（1229年）八月，其兄窝阔台（成吉思汗之三子）以成吉思汗遗诏即大汗位，是为元太宗。其后三年（1232年），窝阔台汗毒杀拖雷。窝阔台汗于即位十三年（1241年）十一月卒，皇后乃马真称制。五年（1246年）七月，蒙古贵族立窝阔台汗之子贵由为大汗，是为元定宗。贵由汗在位三年即卒，皇后海迷失称制。海迷失称制三年（1251年），蒙古贵族推立拖雷长子蒙哥为大汗，是为元宪宗。自此，汗位归于拖雷一系。蒙哥汗命其弟忽必烈（拖雷之四子）总漠南汉地军国庶民，次年（1252年）又徙窝阔台汗子孙及诸王于各边，赐海迷失皇后死，从而巩固了汗位。
    忽必烈雄才大略，招揽藩府旧臣和四方文学之士，问以经国安民之道，并驻帐于桓州（今内蒙古多伦）和抚州（今内蒙古兴和）之间，丙辰岁（1256年）“命僧子聪（即刘秉忠）卜地于桓州东、滦水北，城开平府（今内蒙古正兰旗境内），经营宫室” ，以汉地财赋为依托，便于发展势力。蒙哥汗于即位八年（1258年）大举伐宋，次年（1259年）七月死于军中，其弟阿里不哥（拖雷之七子）在大漠纠集蒙古贵族势力欲即汗位。十一月，忽必烈在前线与宋贾似道议和，自鄂州（今湖北武昌）还军北上，争夺汗位。闰十一月乙丑，忽必烈至燕京，释放阿里不哥一党所括之兵，粉碎其征燕地锐卒以为己用的企图。是年冬，忽必烈即驻于燕京近郊。次年（1260年）三月，忽必烈称大汗于开平，建元中统，是为元世祖。中统二年（1261年），忽必烈命修燕京旧城，并命平章政事赵璧、左三部尚书怯烈门率蒙古、汉军驻燕京近郊、太行一带，东至平滦，西控关陕，应有险阻，于附近民内选谙武事者，修立堡寨守御。又选锐卒三千付史枢统领，屯驻于燕京近郊 ，以备阿里不哥来袭。同年十一月，大破阿里不哥来犯之军，并乘势北上追击。中统四年（1263年），忽必烈改开平为上都。次年（1264年）七月，阿里不哥降；八月，诏改燕京为中都，并改元至元。对于统治中原地区来说，上都开平显然过于偏北，交通不便，政令难以迅速下达；且上都开平的军事地位远不如中都燕京重要，这在忽必烈和阿里不哥争夺汗位的斗争中已充分表现出来。早在忽必烈即汗位以前，其心腹霸突鲁即奏曰：“幽燕之地，龙蟠虎踞，形势雄伟，南控江淮，北连朔漠。且天子必居中以受四方朝觐。大王果欲经营天下，驻跸之所，非燕不可。” 即汗位之后，其谋士郝经亦以“燕都东控辽碣，西连三晋，背负关岭，瞰临河朔，南面以莅天下” 为由，劝忽必烈定都燕京。因此，忽必烈遂决意建都燕京。
    中统五年（1264年）二月，元世祖忽必烈诏修原金太宁宫西园中的琼花（华）岛，并命疏通燕京以北的漕渠，以便运输。因为历经战火的金中都宫室已破坏殆尽，惟有城北旧太宁宫尚保留稍整，且有山水之秀，成吉思汗时期曾将之以为道院，可能也有一些维修，故忽必烈意欲定都燕京遂从修建琼华岛开始，原被道士拆毁的广寒殿也得以恢复。
    但是，由于金中都城过于残破，且其规模狭促，也与蒙古汗国无敌天下的国势不相称；更重要的是，旧金中都城“土泉疏恶” ，城西的西湖（今北京广安门外莲花池）水源已难以为继，故又决定放弃旧燕京城而以其东北的依傍水源充足的高梁河水系的旧金太宁宫为中心，建筑新都，亦名中都，原金中都城则称南城、旧城。《马可·波罗游记》又称：“汗八里城（指金中都）在契丹省的一条大江之上，自古以来就以雄伟庄严而驰名遐迩。城名的含意是“帝都”（即燕京）。不过，皇帝陛下（忽必烈）根据星占学家的卜算，认为该城将来要发生叛乱。所以，他决定在江（指原金中都城北的闸河）的对岸另建新都。”蒙古贵族一般都迷信星占术，这或许也是忽必烈决定放弃燕京旧城，营建新都的原因之一。选择新都城址并进行整体规划的是太保刘秉忠，具体负责施工的是张柔、张弘略父子及行工部尚书段天佑等人。《元史·世祖纪》载：“至元三年（1266年）十二月丁亥，诏安肃公张柔、行工部尚书段天佑等同行工部事，修筑宫城。”又命“凿金口，导卢沟水以漕西山木石”，供应新都修建宫室之需。至元四年（1267年）正月戊午，成立提点宫城所，为主持修建新都宫室的机构，正式开始修建新都城。在建城过程中，至元八年（1271年）忽必烈纳刘秉忠之议，改国号为大元，次年（1272年）改中都（新都城）为大都；并于至元十六年（1279年）灭宋，完成南北统一，大都成为全国的政治中心，从此完成了历史上的北京由军事重镇、局部地区的政治中心向全国政治中心的过渡。这一过渡，分汉唐幽州蓟城、辽南京、金中都到元大都这样几个阶段，历时1400余年。

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