明成化十七年（公元1481年）曾重修。当时有三清殿、通明殿、普济殿、佑圣殿等十三重殿宇。明宪宗曾赋诗赞曰：“禁城西北名朝天，重檐巨栋三千间”可见其宏伟壮丽。它的宫门在现在的宫门口胡同，北边直达官园，现在的官园就是当年朝天宫的瓜园。西至福绥境，东至育幼胡同，这一大片都是朝天宫的范围。明朝有一首儿歌唱道：“平则门，拉大弓，过去就是朝天宫。朝天宫写大字，过去就是白塔寺。”平则门就是现在的阜成门，拉大弓指当时做弓箭的工匠营，也就是说，在弓匠营东边是朝天宫，再往东就是白塔寺了。

　　天有不测风云，明天启六年六月二十日夜（公元1626年8月11日）大雨倾盆，雷声隆隆，雷电交加。一道闪电刺破长空，一声巨雷在三清殿上炸裂，三清殿顷刻燃起大火，并迅速四处蔓延。待救火队伍赶到时，十三重殿宇已全部被烧毁，宏伟的朝天宫一夜之间化为灰烬。

　　贫弱腐朽的明王朝已无力重建朝天宫。明朝末年，只在朝天宫遗址的东北角建了一所道观玉皇阁。年长日久，在原朝天宫的废墟上，百姓们逐渐建起了住房。形成了不那么规矩的胡同。这就是这一带的胡同格局较乱的原因吧。如今，我们只能从东廊下胡同、西廊下胡同、宫门口胡同这些胡同名称上,去想像当年规模巨大、气势恢宏的朝天宫了。

　　当年形成的宫门口东岔、西岔的北头合并成一条胡同，成“人”字形。东有白塔（妙应寺塔），西有青塔（元代已毁，只留有青塔胡同）恰似两点，合成一个“火”字。有人附会说，宫门口主火，因而才烧了朝天宫。于是几巷公议，在胡同北口建土地庙，以“镇火压邪”。门前旗杆上树一面黑地白字旗，上书“保我一方”，人称黑旗土地庙。一时名气很盛，香火不断，直至“七七事变”后才被日伪军当局拆掉。也有人说，建的是火神庙，供奉火德真君，因而安平巷过去叫火神庙胡同。

　　玉皇阁的一些建筑倒有幸一直留存下来。建国后玉皇阁遗址划归团中央，在这里办起了托儿所。1990年中国青年杂志社迁此办公，对部分建筑进行了修整。在后院还挖出了一块镌刻着“元天观”字样的碑石。元天观就是玉皇阁的后阁。